آفاتی مانند مگس خانگی، سوسک‌ها و عنکبوت‌ها به خاطر در دسترس بودن مواد غذایی، آب و محل زندگی به دامداری جذب می‌شوند. اگرچه به نظر می‌رسد کنترل شیمیایی بهترین خط دفاعی برای مقابله با حشرات اطراف دامداری است، روش‌های غیرشیمیایی مانند روش‌های بهداشتی و فیزیکی مهم‌ترین مؤلفه‌های مدیریت آفات مرتبط با دامداری‌های شیری هستند. زمان یک عنصر مهم در هنگام بهره‌برداری از یک دامداری لبنی است و برخی از این روش‌ها، به ویژه بهداشت، می‌تواند زمان بر باشد. اما این دلیل نمی‌تواند به عنوان بهانه‌ای برای نادیده گرفتن اقدامات اولیه و اساسی کنترل آفات باشد. زمان صرف شده برای خلاص شدن از شر مکانی تغذیه و تولیدمثل به معنای کاهش تعداد مگس‌ها و سوسک‌ها است که در صورت نیاز به کنترل‌های شیمیایی باعث موفقیت بیشتر می‌شود.
مدیریت کود
روش‌های مختلفی برای حذف کود از دامداری وجود دارد. می‌توانید با استفاده از نوعی سیستم خودکار کود را در lagoon[1] شسته و تصفیه کنید(کارآمدترین روش)، یا می‌توانید آن را جمع کنید و به مراتع منتقل کنید یا کود را جمع آوری کرده و بعدا به چراگاه منتقل کنید. در هنگام شستن کود مقداری کود ممکن است روی پایه‌ها، ستون‌های ساختمان و گوشه‌ی دیوارها باقی بماند. اگر از سیستم‌های خودکار استفاده می‌کنید، ممکن است مجبور باشید برای اطمینان از حذف کامل، برخی از تنظیمات را انجام دهید. پخش کود در یک لایه‌ی نازک روی زمین امکان خشک شدن کود را فراهم می‌کند. خشک کردن کود جذابیت آن را به عنوان محلی برای تغذیه یا تولید مثل برای مگس‌ها از بین می‌برد. در صورت امکان، رطوبت کود انباشته شده را زیر 30% نگه دارید. هرچه کود خشک‌تر باشد بهتر است زیرا کود دامی با رطوبت زیر 30 درصد به عنوان محلی برای تولید مثل برای مگس‌ها جذاب نیست. از کود دام در آغل گوساله غافل نشوید. کود مخلوط با بستر می‌تواند مناطقی را برای پرورش مگس خانگی و مگس اصطبل فراهم کند. در طول فصل تولید مثل مگس، این مناطق را تا حد امکان تمیز کنید.
کنترل پسماند خوراک شیرین
خوراک گاوهاي شيري اغلب حاوی مواد شیریني مانند ملاس یا مخمرهای جو است كه این مواد برای مگس‌ها و سوسک‌ها بسیار جذاب است. مقادیر کمی ازین مواد که ممکن است در انبار یا در اطراف محل ذخیره سیلوها جمع شود، می‌تواند منبع تغذیه‌ی خوب و مکانی برای تکثیر مگس‌ها یا سوسک‌ها باشد. بنابراین نظافت مداوم این مناطق و به حداقل رساندن ریزش مواد و ایجاد زهکشی خوب در اطراف مخازن سیلوها، به حذف منابع تغذیه و کاهش پرورش آفات کمک می‌کند.
[1] Lagoon نوعی حوضچه ی خاکی است که در دامداری برای تصفیه کود مایع استفاده می شود. در این نوع سیستم تصفیه مواد در سه لایه قرار می‌گیرند. لایه ی زیرین لای یا مواد جامد کود مایع که sludge نام دارد لایه ی میانی treatment نام دارد که در این لایه موادی مانند H2S و NH3 و مواد آلی به ترکیبات کم بو اکسید می شوند. لایه ی اول effluent storage (ذخیره سازی پساب) نام دارد.
