مهم ترین پتانسیل خطر کود RMS به عنوان بستر متوجه سلامت حیوان، انسان، کیفیت محصول و احساس مصرف کننده نسبت به محصول تولیدی است. از منظر اقتصادی خطری که می تواند برای دامدار داشته باشد، این است که در صورت تهدید بالا برای سلامت حیوان یا انسان، ممکن است، استفاده از این ماده در دامداری ها ممنوع اعلام شود. بر اساس بررسی های سازمان Defra در انگلستان، میکروارگانیسم های کلیدی که در این نوع بستر ها باید به آن ها توجه شود در جدول شماره ی ۱ آمده است. کرم های ریوی و اکثریت انگل های روده ای شامل این موارد نمی شوند.دلیل این امر آن است که این انگل ها نمی توانند چرخه ی زندگی خود را در کود کامل کنند و بررسی ها در سیستم های پرورش نشان می دهد، به طور کلی بار انگلی بالایی در این مراکز وجود ندارد. اطلاعاتی که خطر انتقال عفونت ویروسی را توسط این نوع بستر ها ارزیابی کرده باشد، بسیار اندک است. جدول ۲ و ۳، اطلاعات در دسترس راجع به بار میکروب های پاتوژن در RMS قبل از استفاده، قبل از جداسازی ماده ی خشک و بعد از فرآوری را خلاصه می کند. جدول ۴ نیز اطلاعات در دسترس راجع به بار میکروب های پاتوژن در سایر مورد استفاده در بستر را نشان می دهد. این اطلاعات نشان دهنده این حقیقت است که اگرچه بار باکتریایی در RMS بالاست این بار باکتریایی در مواد دیگری که به عنوان بستر استفاده می شوند نیز می تواند به سطح مشابهی برسد و سایر مواد مود استفاده در بستر نیز این پتانسیل را دارند که بار میکروبی بالایی داشته باشند. هر گونه خطر افزایش مقاومت آنتی بیوتیکی که به علت باقی ماندن این مواد در کود بازیافت شده ایجاد می شوند، می تواند سلامت انسان و دام را به خطر بیاندازد. در تحقیقات یک مورد مبنی بر وجود ارتباط بین استفاده از RMS و به وجود آمدن مقاومت آنتی بیوتیکی در سویه های سالمونلا در مدفوع گاو شیری گزارش شده است.

جدول۱: میکروارگانیسم های کلیدی با توجه به خطرات احتمالی مرتبط با استفاده از مواد جامد کود بازیافتی به عنوان بستر.

جدول 2: نمونه هایی از بار میکروبی در مواد جامد جدا شده از کود [1]

جدول 3: بار میکروبی موجود در کود پس از تخمیر یا کمپوست

جدول 4: نمونه هایی از بار میکروبی موجود در بستر (استال)

[۱] separated manure solids

[۲] MAS, mesophilic aerobic spore formers.

[۳] loose yards

[۴] Chopped straw